آيت الله سيدمصطفي خميني، كه امام (ره) او را اميد آينده اسلام مي دانست، در نيمه شب يكشنبه اول آبان 56، به شكل مرموزانه يي درگذشت. در پي درگذشت ايشان، حضرت امام در يادداشتي چنين مرقوم كردند؛ در روز يكشنبه نهم شهر ذي القعده الحرام 1397، مصطفي خميني نور بصرم و مهجه قلبم دار فاني را وداع كرد و به جوار رحمت حق تعالي رهسپار شد. امام همچنين در پيامي خطاب به ملت ايران فرمودند؛ "اين طور قضايا مهم نيست، خيلي پيش مي آيد، براي همه مردم پيش مي آيد و خداوند تبارك و تعالي الطافي دارد به ظاهر و الطافي خفيه است. يك الطاف خفيه يي خداي تبارك و تعالي دارد كه ما علم به آن نداريم اطلاعي بر او نداريم و چون ناقص هستيم از حيث علم، از حيث عمل از هر جهتي ناقص هستيم. از اين جهت در اين طور اموري كه پيش مي آيد جزع و فزع مي كنيم، صبر نمي كنيم، اين براي نقصان معرفت ماست به مقام باري تعالي. اگر اطلاع داشتيم از آن الطاف خفيه يي كه خداي تبارك و تعالي نسبت به عبادش دارد و "انه لطيف علي العباد" و اطلاع بر آن مسائل داشتيم، در اين طور چيزهايي كه جزيي است و مهم نيست، آنقدر بي طاقت نبوديم، مي فهميديم كه مصالحي در كار است، يك الطافي در كار است، يك تربيت هايي در كار است." با انتشار خبر، حوزه نجف در هاله يي از غم و اندوه فرو رفت. درس ها تعطيل شد و روحانيت به سوگ نشست. جنازه آن شهيد توسط ياران و شاگردان او به كربلا برده شد.

سيدمصطفي خميني نخستين فرزند امام خميني(ره) در30 آذر 1309شمسي (21 رجب 1349قمري) در شهر قم به دنيا آمد. نام او را محمد، لقبش را مصطفي و كنيه اش را ابوالحسن گذاشتند. سيدمصطفي ديرتر از معمول زبان باز كرد به طوري كه در چهارسالگي تنها چند كلمه مي توانست بگويد. وي را در شش سالگي به مكتب فرستادند كه در حرف زدنش بسيار موثر بود. در هفت سالگي به مدرسه رفت و دوره ابتدايي را در مدرسه هاي "باقريه" و "سنايي" قم به پايان رساند. در سال1324ش. (15سالگي) به تشويق پدر به تحصيل علوم اسلامي پرداخت و در سال 1330ش. (17سالگي) پس از پايان دوره مقدماتي به مدت 5/2 سال به مرحله سطح وارد و معمم شد. سيدمصطفي در سال 1330و حدود 22سالگي سطح را به پايان رساند و از آن پس در درس خارج آيت الله العظمي بروجردي و امام خميني (ره) شركت كرد. سيدمصطفي در 24سالگي با خانم معصومه حائري دختر آيت الله شيخ مرتضي حائري ازدواج كرد. نخستين فرزند آنها محبوبه بود كه بر اثر بيماري مننژيت درگذشت، دومين فرزندشان حسين و سومين فرزند آنها مريم بود. چهارمين فرزند در جريان حمله كماندوهاي رژيم پهلوي به منزل آن شهيد در 13/10/1343، پيش از آنكه به دنيا بيايد، به علت بيم و هراسي كه به خانم حائري دست داد، از دست رفت. سيدمصطفي در 27سالگي به درجه اجتهاد نائل آمد و اين در حالي بود كه از نظر اطرافيان و حتي امام (ره -(كه در اين زمينه بسيار سختگير بودند- او از 25سالگي به مرحله اجتهاد رسيده بود. وي تقريباً در همين سن و سال، به تدريس علوم نقلي و عقلي پرداخت و دست به تاليفات متعددي زد. بنا بر اظهارات او در يكي از بازجويي هاي ساواك در سال 1343ش. زماني كه تنها 33سال داشت، 12جلد كتاب نوشته بود. همچنين در تبعيدگاه تركيه، در حالي كه كتب و مآخذ لازم در دسترس نبود، دو جلد كتاب تاليف كرد و در نجف نيز علاوه بر تدريس، كتب بسياري در باب فقه، اصول، فلسفه و تفسير تدوين كرد كه همه نشان از استعداد و هوش سرشار و حافظه بالاي او داشت. او در ميان فضلا و علماي متعدد نجف، جايگاه ويژه يي داشت. درس اصول فقه او جلوه خاصي داشت و نظرات علمي او براي بسياري تازه و قابل استفاده بود. همچنين وي داراي مباني استوار و محكمي بود و در حوزه درس امام(ره) در بسياري از موارد در برابر نظريه هاي علمي امام(ره) مي ايستاد و بحث مي كرد.

نكته قابل توجه در ارتباط با شخصيت اجتماعي حاج آقا مصطفي، ساده زيستي او بود. با وجود اينكه فرزند يكي از مراجع طراز اول بود، در تمام مراحل زندگي ساده زيست و سطح زندگي او از حد زندگي يك طلبه ساده فراتر نرفت و اين مساله در وصيت نامه اش كاملاً مشهود است (آنجا كه تنها به كتاب هاي خود اشاره كرده و يادآور مي شود "چيز ديگري ندارم مگر بعضي مختصرات، آن هم ديگر احتياج به گفتار ندارد...").سيدمصطفي در هيچ يك از مراحل زندگي از موقعيت آقازادگي خود بهره برداري نكرد و شخصيتي كاملاً مستقل داشت چرا كه وي عقيده داشت كسب شهرت با عنوان "آقازاده" و "آيت الله زاده" دون شأن يك مسلمان و آزاده است. همچنين از ديگر ويژگي هاي اخلاقي آن شهيد كه تمام كساني كه مدتي با او بودند به آن اشاره مي كنند، حسن خلق وي بود. صراحت، شهامت، زهد، خودساختگي، استقلال راي و... را مي توان از ديگر ويژگي هاي برجسته آن شهيد برشمرد.

سابقه مبارزاتي سيدمصطفي از آشنايي با جمعيت فدائيان اسلام آغاز مي شود، اما از سال 1341ش. به طور جدي و همه جانبه وارد نهضت شد و در تمام لحظات زندگي در كنار رهبر نهضت به مبارزه پرداخت. ساواك نيز از او بسيار مي ترسيد و بنا بر گزارشاتي كه در پرونده او آمده است، ساواك بارها روي اين موضوع تاكيد كرده بود كه حاج سيدمصطفي خميني(ره) در مبارزات پدرش نقش مهمي دارد.

در 15خرداد 1342 پس از دستگيري امام(ره) در امر هدايت و رهبري در قم نقش موثري داشت. با سخنراني در صحن مطهر حضرت معصومه(س) مايه شكل گيري قيام 15خرداد در شهر قم شد. با تلاش هاي او، پيگيري علما و فشار افكار عمومي، رژيم ناچار شد حبس امام(ره) را به حصر در منطقه داووديه تبديل كند و سه روز بعد امام(ره) را به قيطريه انتقال دهد. از آن پس سيدمصطفي رابط امام با امت بود و مسووليت ابلاغ اخبار و گزارشات بيرون به رهبر را بر عهده داشت. تلاش هاي وي در اين راستا به آنجا رسيد كه رئيس وقت شهرباني كشور (سپهبد نصيري)، او را جلب كرد و هشدار داد كه اگر از فعاليت هاي سياسي دست نكشد، تحت پيگرد قرار خواهد گرفت.

پس از آزادي امام(ره) در 15 فروردين 43 و بازگشت ايشان به قم، سيدمصطفي باز هم به عنوان ياري وفادار همواره همراه و مشاور ايشان بود. در پي سخنراني امام(ره) عليه احياي رژيم كاپيتولاسيون در تاريخ 4/8/1343 و تبعيد ايشان به تركيه، در نيمه شب 13 آبان43 سيدمصطفي به پا خاست و با سيل خروشان مردم خشمناك قم به طرف بيوت آيات عظام به راه افتاد. رژيم كه تجربه فعاليت هاي آقا مصطفي را در جريان 15خرداد به ياد داشت، در ساعت 15/9 صبح همان روز زماني كه وي در بيت آيت الله نجفي به سر مي برد، به آنجا حمله كرد و او را دستگير و زنداني كرد. سيدمصطفي به مدت 57 روز در زندان قزل قلعه و اغلب در سلول انفرادي به سر برد و از تاريخ 19 تا 28 آبان به مدت 9 روز تحت بازجويي قرار گرفت. حاج سيدمصطفي در دوران بازداشت براي جلوگيري از خلاء ناشي از نبود رهبر و بلاتكليفي مقلدين امام(ره)، طي نامه يي كه به صورت پنهاني به خارج از بازداشتگاه ارسال كرد، حجت الاسلام شيخ شهاب الدين اشراقي را وكيل و نماينده خود معرفي كرد، همچنين در اين مدت به علت نگراني از سلامت امام(ره) در تبعيد، تنها درخواستي كه مطرح كرد رفتن نزد امام(ره) بود. از آنجا كه ساواك نيز ديرزماني بود انديشه دور كردن او از كانون نهضت را در سر داشت، با آزادي وي به شرط رفتن به تركيه موافقت كرد. سيدمصطفي پس از بازگشت به قم و مشورت با مراجع و علماي قم از جمله آيت الله العظمي مرعشي نجفي و آيت الله العظمي گلپايگاني، از مسافرت به تركيه منصرف شد. هنگامي كه ساواك از اين تصميم آگاه شد، در 13 دي كه تنها پنج روز از آزادي او مي گذشت، با حمله به منزل امام(ره)، وي را دستگير و روز بعد (14/10/1343) به تركيه تبعيد كرد. در تبعيدگاه تركيه شرايط حاكم در اين كشور و دور ماندن از ملت موجب شد از فعاليت هاي مبارزاتي و سياسي سيدمصطفي كاسته و بر فعاليت هاي علمي او افزوده شود و او بتواند در كنار امام(ره) به تحصيل و تكميل علوم اسلامي بپردازد. در آن زمان با توجه به شرايط بين المللي، دولت تركيه از اينكه كشورش به تبعيدگاه مبارزان مسلمان تبديل شده بود ابراز نگراني مي كرد، به همين جهت رژيم ايران را تحت فشار قرار داد تا امام خميني(ره) و حاج آقا مصطفي را به مكان ديگري تبعيد كند. رژيم نيز با بررسي همه جانبه، عراق را بهترين مكان براي تبعيد آن دو بزرگوار دانست و در نتيجه در 13 مهر 44، امام خميني(ره) و سيدمصطفي را به عراق فرستاد.

انتقال امام(ره) و حاج آقا مصطفي به عراق با سرعت و بدون اطلاع قبلي به زعماي نجف صورت گرفت. سيدمصطفي در كاظمين خبر ورود امام(ره) را به اطلاع آيت الله العظمي خويي رساند. اين خبر در مدت كوتاهي در نجف منتشر شد.

سيدمصطفي در طول 12 سال اقامت در عراق، حلقه اتصال اجزاي نهضت اسلامي در ايران و نقاط مختلف جهان، با كانون آن در نجف و همچنين مسوول ايجاد و برقراري رابطه با مبارزان در سطوح مختلف بود، كه محوريت و مركزيت اين ارتباط ها با مبارزان مسلمان بود و شهيد بيشتر در امور اجرايي و ارتباط و نظارت بر آنها همت مي گماشت. شهيد سيدمصطفي خميني از طرق مختلف مانند توزيع رساله عمليه، اعلاميه ها، پيام ها، نامه ها و نشر سخنان امام خميني(ره) در ايران و ساير كشورها، از راه شبكه مبارزان، به نشر افكار انقلابي و انديشه هاي امام خميني(ره) مي پرداخت. همچنين با سفرهايي به كشورهاي عربستان، سوريه و لبنان كه غالباً به بهانه زيارت صورت مي گرفت، با مبارزان مسلمان و طرفداران ايراني و غيرايراني امام(ره) ارتباط برقرار مي كرد و به آنها رهنمودهاي لازم را مي داد و كساني را كه آمادگي داشتند، به مراكز آموزش نظامي معرفي مي كرد.

يكي از بهترين و مهم ترين راه هاي ارتباطي سيدمصطفي با ساير مبارزان ايراني، در موسم حج بود. او در سال هاي 1342 ، 1345 ، 1353و1356 علاوه بر زيارت خانه خدا براي پيشبرد نهضت اسلامي، با وجود كنترل ها و مراقبت هاي كامل ماموران ساواك، توانست با مبارزان ايراني و غيرايراني و مقلدين امام خميني(ره) ديدار، گفت وگو و تبادل نظر كند و اعلاميه ها، نامه ها و ساير اسناد و مدارك و دستورهاي امام(ره) را از طريق آنان به ساير كشورها ارسال كند. سيدمصطفي در اين راه از ياري افراد مسلمان، متعهد و همسو با اهداف اساسي نهضت نيز بهره مي گرفت و با مبارزان سياسي- مذهبي ايران ارتباط داشت و به آنها ماموريت هاي سياسي و اجتماعي در راستاي نهضت اسلامي محول مي كرد. نكته قابل توجه در شيوه مبارزاتي سيدمصطفي، نفوذناپذيري، هوشياري و عدم مماشات با كژانديشان بود. اگر كسي از مبارزان را مي ديد كه از خط امام، انقلاب و موازين اسلامي منحرف شده و مغرضانه فكر مي كند، با او كاملاً قطع رابطه مي كرد و در مقابل اگر متوجه مي شد كه كسي فريب خورده، تلاش مي كرد كه او را اصلاح كرده و به راه آورد. در مدت حضور امام(ره) و سيدمصطفي در نجف، رويه عراق در قبال آنها متاثر از ارتباط ديپلماسي با ايران بود چرا كه رژيم عراق درصدد بود از حضور آن دو بزرگوار در آن كشور سوء استفاده كند (زماني عليه ايران و به نفع خودشان زماني هم به نفع هر دو كشور)، اما در تمام اين دوران ها امام(ره) و حاج آقا مصطفي با اتخاذ اهداف مشخص و موضع گيري هاي روشن، جلوي هرگونه سوءاستفاده را گرفتند. سيدمصطفي در پي ديدار با آيت الله العظمي حكيم كه در آن زمان به دليل فعاليت هايي عليه رژيم عراق، ممنوع الملاقات شده بودند، در 21/3/1348 دستگير و نزد حسن البكر رئيس جمهور وقت عراق جلب شد. وي به سيدمصطفي هشدار داد در صورت ادامه فعاليت بر ضد حكام بغداد با واكنش شديد روبه رو خواهد شد.

سرانجام آيت الله سيدمصطفي خميني، پس از 47 سال زندگي پر از تلاش و مبارزه، در سحرگاه يكشنبه اول آبان 56 (نهم ذي القعده 1397ق.) در نجف، به طور ناگهاني و مرموز در خانه خود درگذشت. علت مرگ مشخص نشد، اما از مجموع گفته هاي بستگان درجه اول، نزديكان و دوستان چنين برمي آيد كه مرگ سيدمصطفي طبيعي و عادي نبود، بلكه در اثر نوعي مسموميت (به احتمال قوي به وسيله ماموران ساواك يا ماموران امنيتي دولت عراق يا تباني آن دو دولت) به شهادت رسيد. آثار مسموميت در بدن شهيد از همان ابتدا كاملاً مشهود بود. پزشكان قصد كالبدشكافي جسد او را براي روشن شدن علت مرگ داشتند كه به دليل مخالفت امام خميني(ره) اين اقدام صورت نگرفت.

پيكر آيت الله سيدمصطفي خميني از شهر نجف به كربلا برده شد. جنازه او را با آب فرات غسل دادند و در محل خيمه گاه امام حسين(ع) كفن كردند و پس از طواف در حرم مطهر حضرت سيدالشهدا(ع) و حضرت عباس(ع) به نجف بازگرداندند. پيكر آن شهيد يك روز بعد (دوشنبه دوم آبان) حدود ساعت 9 از مسجد بهبهاني- واقع در بيرون دروازه نجف- با شركت انبوهي از علما، فضلا، طلاب، كسبه، اصناف و ديگر اهالي نجف به طرف صحن علوي تشييع شد. آيت الله العظمي خويي در صحن مطهر حضرت اميرالمومنين امام علي(ع)، بر او نماز خواندند و سپس پيكر شهيد را در ايوان حرم مطهر، مجاور مقبره علامه حلي(ره) به خاك سپردند.